يهدف المسح إلى توفير قاعدة بيانات ومؤشرات حديثة من شأنها تصوير الأوضاع الصحية والاجتماعية والتربوية للطفل وتقويم التقدم المحرز من أجل تحقيق “أهداف الألفية للتنمية “ ومناخ العمل الوطني حول بقاء الطفل وحمايته ونمائه خلال الألفية الجديدة وقياس التغيرات الطارئة على أوضاع الطفولة منذ تنفيذ المسح العنقودي متعدد المؤشرات حول صحة الطفل في منتصف التسعينات والتي من شأنها تشخيص أوضاع الطفل وإجراء الدراسات التحليلية المقارنة وإعداد البرامج المناسبة للنهوض بأوضاع الطفولة في مختلف المجالات.